《指引》要求，按照完整的生態(tài)循環(huán)農(nóng)業(yè)鏈條進(jìn)行項(xiàng)目設(shè)計(jì)，項(xiàng)目建設(shè)原則上須包括畜禽養(yǎng)殖廢棄物資源化利用、農(nóng)副資源綜合開發(fā)、標(biāo)準(zhǔn)化清潔化生產(chǎn)等三部分內(nèi)容，同時(shí)兼顧資源利用的多樣化和廢棄物處理的不同方式。

在具體項(xiàng)目設(shè)計(jì)時(shí)，項(xiàng)目單位可根據(jù)區(qū)域和自身?xiàng)l件，在完整設(shè)計(jì)的項(xiàng)目建設(shè)內(nèi)容中，圍繞關(guān)鍵環(huán)節(jié)、關(guān)鍵措施、關(guān)鍵技術(shù)，進(jìn)行菜單式選擇和搭配。

就投入規(guī)模而言，《指引》明確提出，單個(gè)項(xiàng)目中央財(cái)政資金投入控制在1000萬元左右（地方財(cái)政資金投入比例高的省份可適當(dāng)降低中央財(cái)政資金投入規(guī)模，全部財(cái)政資金投入控制在1500萬元左右）。